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上海交通大学医学院附属新华医院崇明分院创建于1915年，是崇明地区规模最大、设施最先进，集医疗、教学、科研和管理为一体的现代化综合性教学医院，连续九届被评为“上海市文明单位”。2009年，上海市政府提出“5+3+1”工程，政府授权上海交通大学医学院附属新华医院负责全面管理和建设工作。2013 年被授予三级乙等医院称号。
医院占地面积7.5万平方米，建筑面积约11.2万平方米，核定床位数1000张，有33个临床科室，18个病区。在职职工1284人，专业技术人员占职工总人数的84.7%。其中中高级职称员工占专业技术人员58.2%。新华总院派遣专家达45位，其中，常驻专家30位；正高级职称29位，占64.44％；博士26位，占57.78％；博导、硕导22位，占48.89％。目前，临床医技科室医师高级职称比例达到32.3％，硕士及以上高学位医师比例达到28.5％。
医院是上海市唯一国家卫生计生委指定的肿瘤规范化诊疗试点单位；成立了上海市崇明新华癌痛转化研究所暨上海大学生命科学学院医药转换研究基地，癌痛转化研究实验室为市级实验室。肿瘤科、骨科和普外科被列为市级重点专科；肿瘤科、急危重症科、消化科和泌尿外科等13个学科是县级重点学科。各学科特色明显，有腹腔镜、胸腔镜、宫腔镜、输尿管镜等微创治疗，超声、放射、心血管病介入诊治具有区域优势。2012年，医院成为上海市全科医师规范化培训基地。普外科、全科医学科、呼吸内科、医学影像科和妇产科等7个学科是上海市住院医师规范化培训教学基地。获国家级继续教育项目15项。
医院拥有门急诊医技楼、住院病房楼和科教综合楼等主体建筑，有岛内唯一的上海市优秀历史保护建筑—黄家花园。现有层流手术室共20间，其中百级2间，1.5TMRI、64 排CT、直线加速器、“海扶刀”、DSA（数字减影血管造影机）、SPE—CT(单光子发射计算机断层成像术)，彩超、高压氧舱、全自动生化分析仪器等。设有内镜室、导管室、血透室、特需体检等多个诊疗平台。
上海市新一轮医改的一项重要惠民举措是建立区域医疗联合体。医院作为医疗联合体核心单位，与堡镇人民医院、庙镇人民医院建立联动服务机制，发挥优质医疗资源最大潜力。成立了新华-崇明区域医疗联合体放射诊断部、临床检验部及心电诊断部。开通“健康直通车”—“五个一”活动，即举办一次大型医疗义诊，上好一堂健康科普讲座，进行一次社区医生业务指导，组织一场服务对象意见征询会，开展一次院前急救演示，送医到乡镇，广受群众欢迎。同时，医院作为区域龙头单位，充分发挥“领头羊”作用，对基层医疗单位提供技术支撑和培训指导任务。
随着崇明县人民政府与上海交通大学医学院附属新华医院新一轮合作协议的签订，新华医院崇明分院又一次迎来了崭新发展机遇。在崇明县委、县政府的亲切关怀和新华医院的鼎力支持下，医院全体员工将继续开拓创新，为努力实现“一体化管理、同质化发展”，力争“十三五”期末医院主要业务、质量指标达到三级甲等医院水平而努力。
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