南方医院创建于1941年，2004年8月随第一军医大学整体移交广东省，是南方医科大学（原第一军医大学）第一附属医院、第一临床医学院，是一所集医疗、教学、科研和预防保健为一体的大型综合性三级甲等医院，全国首批百佳医院。
医院目前展开床位2300张，医疗设备总值达11亿元。设置专业学科52个，临床医学一级学科是博士学位授权点和博士后科研流动站。目前拥有国家重点学科1个、国家重点培育学科1个、国家临床重点专科建设项目11个、教育部重点实验室1个、广东省重点实验室4个、广东省医学重点学科14个、广东省临床重点专科19个。建成了广东省肾脏病研究所。
       医院现有专业技术人员3000多名，其中高级专业技术人员近600名，博士生导师93名，硕士生导师125人，担任全国、全省学术机构各专业委员会主委、副主委职务人员近200人次，其中包括中国科学院院士1名、国家“千人计划”创新人才1名、国家“973”计划项目首席科学家1名、国家杰出青年基金获得者2名、“新世纪百千万人才工程”国家级人选4名，卫生部“有突出贡献中青年专家”2名等。
       医院形成了消化病诊治、肾病诊治、肝炎诊治、围产医学、肿瘤综合诊治、创伤救治、显微神经外科和组织器官移植等八大临床技术优势领域以及干细胞治疗、微创腔镜诊疗、介入诊疗技术和急危重症救治等四大特色医疗技术平台。
医院是全国首批八年制医学教育培养单位、国家药物临床试验机构、卫生部首批专科医师培训基地、临床药师培训基地和人类辅助生殖技术培训基地。拥有国家精品课程1门、国家级特色专业3个。先后获得国家科技重大专项、“973”计划项目、国家自然科学基金重点项目等资助。荣获国家科技进步二等奖8项、中华医学科技奖一等奖1项、省部级科技奖一等奖18项。
       近年来，医院先后荣获“全国医院管理年活动先进单位”、“全国抗震救灾英雄集体”、“全国百姓放心百佳示范医院”、“全国病历质量评比一等奖”、“全国医德建设先进集体”、“全国医院文化建设先进单位”、“2012中国公立医院服务创新特殊贡献榜”，连续四年荣获“全国最受欢迎三甲医院”，连续两年荣获“医院改革创新奖”。